El Consejo de Gobierno de la Junta de Extremadura, en sesión celebrada el 6 de Febrero de 2009, adoptó el acuerdo de autorizar la constitución de la Fundación Computación y Tecnologías Avanzadas de Extremadura (COMPUTAEX).

Se otorgó escritura de constitución de la Fundación el 24 de marzo de 2009 con el objeto, fines y actividades especificadas en sus estatutos.

La Fundación COMPUTAEX fue inscrita en el Registro de Fundaciones de Extremadura el 27 de abril de 2009 (patronato), dependiente de la Dirección General de Telecomunicaciones y Sociedad de la Información de la Consejería de Economía, Comercio e Innovación.

En marzo de 2010 la Fundación pasó a depender de la Dirección General de Ciencia y Tecnología de la Consejería de Economía, Comercio e Innovación (patronato).

En julio de 2011 se produjo la reestructuración del Gobierno de la comunidad autónoma de Extremadura, pasando la Fundación COMPUTAEX a depender de la Dirección General de Modernización en Innovación Tecnológica de la Consejería de Empleo, Empresa e Innovación del Gobierno de Extremadura (patronato).

En octubre de 2012, con el fin de coordinar el proceso de constitución y puesta en marcha del Centro de Investigaciones Científicas y Tecnológicas de Extremadura (CICYTEX), creado por la Ley 10/2010 de la Ciencia, la Tecnología y la Innovación de Extremadura, se atribuyen las funciones propias de la Dirección General de Modernización e Innovación Tecnológica a la Secretaría General de Empleo y Actividad Empresarial, que pasa a denominarse Secretaría General de Empleo, Actividad Empresarial e Innovación Tecnológica, dependiendo COMPUTAEX de la misma (patronato).

En agosto de 2013, de acuerdo al decreto 135/2013 de 30 de julio, la Fundación COMPUTAEX se adscribe a la Secretaría General de Ciencia y Tecnología (patronato).

El decreto 262/2015 de 7 de agosto, asignó a la Consejería de Economía e Infraestructuras las competencias de la anterior Consejería de Economía, Competitividad e Innovación de la Junta de Extremadura, quedando la Fundación COMPUTAEX adscrita a la Secretaría General de Ciencia, Tecnología e Innovación (patronato).